上世纪80年代以来，随着工业企业，特别是一些化工企业比如：裕兴化工厂等在小清河安营扎寨，两岸居住环境、水质都越来越恶劣。2007年山东省政府率领全省人民全面治理小清河工程开始，排污单位移除，截污减排，现在为止二期工程已经全部完工，正在验收，两岸再现鸟语花香，野鸭戏水。
工业污水和生活污水以及河床内水草菌类。
