生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒引起的，发生于外生殖器、肛门部位的性传播疾病，所以单纯疱疹病毒是生殖器疱疹的直接原因。单纯疱疹病毒有两型，Ⅰ型和Ⅱ型，Ⅰ型80%-90%见于口、唇周围，Ⅱ型80%-90%见于肛门外生殖器部位，Ⅰ型和Ⅱ型会有10%-20%的交叉，也就是口、唇周围可能有10%-20%是由Ⅱ型引起的，肛门外生殖器部位可能有10%-20%是由Ⅰ型引起的。
