12世纪初,在辽金时代得到近二百年发展机遇的沈州,遭到正崛起于中国北方的民族政权蒙古军队的洗劫。
元太祖七年(1212年) 正月,者别率领蒙古骑兵进袭辽东。沈州首次遭蒙古军攻击。四年后,太祖十一年(1216年) 七月,蒙古悍将木华黎率军扫荡辽西、辽东,沈州再度被抢掠、焚烧。蒙古军更陷沈州百姓于水深火热,他们掠夺财物、人口,乃至彻底焚毁城池,这是历史上野蛮征服中的常见现象,以至沈州城内的建筑,包括长安寺等寺庙,万寿观、东华观等著名道观以及辽代创建的城隍庙均遭破坏。
沈州城被彻底毁掉了,最大的遗留是塔湾舍利塔和北门外的白塔。
元世祖忽必烈
元代的蒙古军虽然占领了沈州,但最初的几十年中,沈州形同一座空城、废城,原城市中的汉人、女真人、契丹人多已逃亡,幸存者也都成为蒙古人的农奴。其后二十年,沈州被作为安置高句丽降民的一个地名,却没有明确的行政建制,直至元世祖忽必烈中统四年(1263 年),才诏令这里设安抚高丽军民总管府。三年后,元至元三年(1266 年),忽必烈才诏令复置沈州。实行“军屯”“民屯”等屯田政策。蒙古军征战横征暴敛,加上辽河水灾,使沈州各族人民挣扎于水深火热之中。
明代沈阳中卫地理图
元贞二年(1296年),元成宗铁穆耳诏令设置沈州路,并撤掉了原“沈州总管高丽、女真、汉军总管府” 和辽阳故城的“ 安抚高丽军民总管府”,设立了“沈州等路安抚高丽军民总管府”,隶属于征东等处行中书省。至此,沈州已升格为路城,下辖总管五,千户二十四,百户二十五,府治仍设在辽阳故城(今辽中茨榆坨)。
第二年,即元大德元年(1297年) 冬十一月,沈州路改称沈阳路,自此“沈阳”二字成为沈州的新名称。
安抚高丽军民总管府也从辽阳故城迁至沈阳路城。
七十年后,元末农民大起义红巾军领袖朱元璋于1368 年农历五月在应天(今南京)
称帝,建立明朝。随后,大军北伐,攻占大都(今北京), 元朝灭亡。至洪武十八年(1385年),明军攻占沈阳,置沈阳中、左二卫,揭开了沈阳历史新的一页。
明太祖朱元璋
沈阳自有城以来,城名或候城,或沈州,或沈阳,至明代已悠悠一千六百余载,城垣却一直是夯土而成,并无城楼、城垛等设施。而每当朝代更迭,攻守夺城、焚城,致使沈阳城几度兴废,至元末明初更是破败不堪。为此,洪武二十一年(1388年),接任为沈阳中卫城指挥的闵忠将军奏请明廷,请予改建沈阳卫城城垣及城内衙署等设施,获准,沈阳卫城得以改建。
改建后的沈阳卫城规模虽未扩大,但结构上已与中原传统城池结构趋于一致,城垣围长九里三十步,开辟东南西北四门,东曰永宁,南曰保安,西曰永昌,北曰安定。城墙被加高加宽,建起城楼、城垛、箭垛,这些都是沈阳城建史上第一次出现。特别是城墙墙体材料有了质的变化,墙体内壁以块石为体,条石为基,外壁则以大型青砖砌筑,新城拔地而起之日,在辽东大地,浑河之畔,又添一处景观。
交通条件也得到改善,沈阳城南十里建浑河木桥,再南三十里建沙河木桥,城北三十里建蒲河木桥,方便了商旅,畅通了邮路。
在沈阳城内,元代被毁的长安寺、中心庙等得到重修,城外崇寿寺、回龙寺的白塔高耸入云,明朝统一中国后的沈阳城,焕发出新的生机。
由于设沈阳中卫、左卫,继续实行军屯、民屯,沈阳周围被城南堡、浑河堡、白塔堡、沙河铺、嘉禾堡、庆稔铺、常丰堡、大有堡等屯田居民区环绕,农村也呈现复苏之貌,鸡鸣犬吠,炊烟相望,往来有驿路连接,就连流过沈阳的辽河、浑河、沙河、蒲河及其支流的渡口都活跃起来了。