做一个winform或者控制台应用程序吧
如果是Winform可以使用Timer控件来完成，设置处理间隔时间为2分钟，然后再Timer_Tick事件中处理数据就可以了。
如果是控制台，就用Timer类来控制时间进行处理。
另外你还可以做一个Windows服务来实现这个功能
关于如何用.net做windows服务http://zhidao.baidu.com/question/42468079.html
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得看你的服务器是否可以安装文件了。可以的话你自己写一个程序安装到服务器上来实现就可以了。我建议你还是做一个Windows服务，Windows服务就是为了实现你这种需求而产生的。如果不行，就看你具体要实现什么功能了，如果是和数据库有关的话，Sql Server有作业的功能，可以定时执行SQL语句来进行数据处理。别的就不太清楚了。
自己开发个服务器去实现吧，现有的服务器都不支持这功能
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