A、黑尺蛾由1%到99%，表明S基因的频率逐渐升高，黑尺蛾比例增加，灰尺蛾比例下降，A正确；B、在此期间，S基因的频率由0.5%上升为90%，s基因的频率由99.5%下降为10%，B错误；C、生物进化的实质是种群基因频率的改变，C正确；D、桦尺蛾的进化与当地环境的变化进行选择有关，D正确．故选：B．
