柑橘碎叶病在发生后和其他病毒病害一样，没有有效的防治方法。因此，在防治上也主要采用预防为主的措施。一是选用抗病、耐病品种，如甜橙、酸橙、柠檬等。二是选用无毒接穗。可采用指示植物鉴定无毒的接穗，或进行人工控温、控光处理盆栽植株，即白天光照16小时，使温度保持在40℃，黑夜无光照8小时，使温度保持在30℃，经30多天可获得无毒母树。三是用抗病砧木进行根接换砧。抗（耐）病砧木有本地早、红橘、枳、酸橘等。发病树靠接耐病砧木对恢复树势有一定效果，但保留病树会增加病害扩大蔓延的机会。四是销毁病株。发病植株应连同根部挖出一并销毁。五是严格工具消毒。对不同来源的柑橘植株进行嫁接、修剪或采穗时，剪完一批植株后，剪、刀等工具用1∶5的漂白粉水溶液或1%次氯酸钠溶液浸渍消毒，再用清水冲洗后擦干，以防止机械传播。
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